本妙寺有约400年的历史，是加藤家世世代代的名刹。天正13年(1585年)，入境肥厚（现熊本）之后，加藤清正把在大阪修建的其父亲的菩提寺转移到了熊本城内，当清正公逝世后，又一次把它移建到了现在中尾山的山腰处。爬上被称为 「胸突雁木」的陡坡石阶，就来到了供奉清正公的净池庙。院内的本妙寺宝物館中收藏有清正公的遗物，和有关加藤・细川家的文件，书画，工艺品等，约1400件的珍贵文物，还建有加藤清正公的铜像。