水俣では昭和３１年に水俣病が確認されてから４０年以上もの間、多くの難問と直面してきました。この資料館は、二度と同じ過ちをくり返さないように、また水俣病の歴史と現状を多くの人々に正しく理解してもらいたいという願いを込めて設立されました。水俣病に関するさまざまな問題を写真や文献、大型スクリーン、モニターテレビ等を通して学習することができます。また、水俣病の患者の方等から体験を聴くことができる語り部の制度もあります。