開創から約400年の歴史がある、加藤家代々の菩提寺で日蓮宗（にちれんしゅう）の名刹（めいさつ）です。天正13年（1585年）に、清正（きよまさ）が父の菩提寺として大阪に建立したものを、肥後入国後、熊本城内に移し、清正の逝去後、さらに現在の中尾山中腹に移建されました。「胸突雁木（むなつきがんぎ）」と呼ばれる急勾配の石段を上ると、清正公がまつられている浄池廟（じょうちびょう）に行き着きます。境内には、清正公の遺品や、加藤・細川家に関する文書、書画、工芸品など、約1400点もの貴重な文化財が収蔵、展示された本妙寺宝物館もあり、清正公の銅像も建てられています。